1893年,在建设西伯利亚大铁路时,开始修建一条横跨鄂毕河的铁路大桥。大桥建成后,修桥工人就在临时工人村里住了下来。
1897年,当火车开始通过鄂毕铁路站时,临时工人村已经壮大成了一个大市镇,并以尼古拉二世皇帝的名字被命名为新尼古拉耶夫斯克。1903年,它被赋予城市地位。
在新尼古拉耶夫斯克市成立之后的二十年间,它迅速成长为西伯利亚地区的重要城市。大量农村移民从这里经过,向西西伯利亚、东西伯利亚和远东地区迁居。这座城市成了一个为国内市场提供上百万普特小麦的广大农业区的中心。
1925年12月7日,新尼古拉耶夫斯克被改名为新西伯利亚。在之后几年里城市迅速发展。高楼大厦纷纷拔地而起,城市里有了公交线路,无线电报局,还出现了西伯利亚地区的第一家广播电台,建立了西伯利亚广播中心。1930年,一些郊区城镇被划归市区,新西伯利亚的城市面积大大扩展。
今天的新西伯利亚市是西伯利亚地区最大的工业中心。这里有西伯利亚最大的机场,每周过往航班约500架次。在新西伯利亚还聚集了西伯利亚地区约三分之一的科技力量。