圣彼得堡在城市历史上共遭受到了300多次严重水灾。水灾在这里几乎年年都有,大部分发生在秋末。
城市的第一次水灾发生在1703年8月30日,在几个小时之内水位上涨了整整两米。
发生水灾时,会从瞭望宫和加列尔湾鸣炮、从海军部大厦鸣鼓、敲钟来通知市民。在建筑物的尖顶上,白天会挂起红旗,晚上会亮起信号灯。
1897年建立了归物理天文总台管理的涅瓦河水灾预警部。科学家们发现,水灾同气旋有关,大风把波罗的海的海水赶到芬兰湾的狭口,形成最初并不引人注意的海浪。当海浪向岸边移动并来到浅水区的时候,它的高度会迅速增加。涅瓦河的河面会急剧升高,城市就会遭到水灾。
圣彼得堡最严重的水灾发生在1777、1824和1924年。