1858年3月30日,俄国士兵在阿穆尔河中游的一处低地上岸,建立了一个军事哨所(今天普遍将5月31日作为建城日)。他们将其称为哈巴罗夫卡哨所,用 于纪念十七世纪时开拓新土地的旅行家叶罗菲·哈巴罗夫(Erofey Khabarov)。到八月份,在哈巴罗夫卡划出了用于建设住房的土地。由于地理位置优越(阿穆尔河和乌苏里江的汇合处),哈巴罗夫卡迅速发展。许多拓殖 者跟随军人们来到这里。
当时该地的主要职业是利润丰厚的毛皮业和渔业。此外,这里还有大量肥沃的土地,由国家向拓殖者免费提供。1859年,根据穆拉维约夫的命令,一些招募移民 和受罚士兵来到哈巴罗夫卡。在哈巴罗夫卡最初修建的房屋都具有军事用途。但建城五年之后,这里就已经建成了军事长官住房、兵营、仓库、民居和零售商店等 167幢房屋。
1873年,哈巴罗夫卡开设了第一所小学,到十九世纪末,这里已经有了博物馆、图书馆和第一家职业技校。从1880年开始,哈巴罗夫卡获得城市地位,并成 为滨海边疆区首府,后来改为阿穆尔总省首府。1893年,哈巴罗夫斯卡改名为哈巴罗夫斯克。1922年11月,它随远东共和国并入俄罗斯苏维埃联邦社会主 义共和国。2002年,哈巴罗夫斯克市成为俄罗斯远东联邦大区的行政中心。